Hannele Varsa on työskennellyt lähes 30 vuotta sukupuolten välistä taso-arvoa koskevien, yhteiskunnallisten kysymysten parissa. Hän on perehtynyt erityisen laajasti työelämän tasa-arvokysymyksiin. Hannele Varsa teki tutkimuksen sukupuolisesta häirinnästä ja ahdistelusta työelämässä tasa-arvovaltuutetun toimistossa työskennellessään. Tasa-arvoasiain neuvottelukunnassa Varsa on toiminut aiemmin mm. Tutkimus- ja Miesjaostojen sihteerinä. Lisäksi hän oli Pohjoismainen Forum 1994 -suurtapahtuman apulaisjohtaja. Varsa on toiminut myös tutkija-kehittäjänä työ- ja perhe-elämän yhteensovittamisprojektissa Stakesissa.
Hannele Varsa on toiminut syksystä 2003 alkaen tasa-arvoasiain neuvottelukunnan pääsihteerinä. Sosiaali- ja terveysministeriö vakinaisti tasa-arvoasiain neuvottelukunnan pääsihteerin viran 1.6.2007 alkaen.